1966-1970 yılları arasında Muğla Valiliğinde bulunan Hasan Orhan Basa'nın önderliğinde 16 Haziran 1967 tarihinde Muğlaspor'u Kurma ve Yaşatma Derneği oluşturularak kurulma yolunda ilk adım atılmıştır. 22 Hairan 1967 tarihinde Gençlik Spor Kulübü (kuruluşu: 10 Temmuz 1940), Yılmazspor Kulübü (kuruluş: 16 Ekim 1951) ve 1963'de kurulan Yolspor Gençlik Kulübü'nün kendilerini feshetmelerinden sonra, derneğin yaptığı toplantı sonucu Muğlaspor kurulmuştur. 30 Haziran 1967 tarihinde Beden Terbiyesi Genel Müdürlüğü'nün kabulüyle 1967-1968 sezonunda 3. Lig'de mücadele etmeye başlamıştır. Son 2 sezonda mali sıkıntılar içine düşen kulüp, 2 kere küme düşerek 2. lig'den Amatör'e düşmüştür. 2008-2009 3. lige yükselme play-off 'lardan tekrar 3. lige geri dönmüştür.